El primer Penjing y Gongshi fueron presentados a Empress Regent Suiko de Japón por la corte imperial china entre 592-628. Estas primeras rocas eran extremadamente interesantes a la corte y al aristocracy japoneses. Fueron formadas fantástico, con los agujeros, los huecos y las superficies altamente erosionadas. Eran piedras verticales, representante de las montañas imponentes y acantilados de China. Estas piedras seguían siendo populares en Japón para los centenares de años.

Durante la última parte del período de Kamakura (1183-1333) la clase del guerrero de Samurai se levantó a la energía en Japón. El comercio activo entre China y Japón había traído las enseñanzas de Zen Buddhism, de que había ganado la aceptación amplia con el samurai. Zen Buddhism acentuó la austeridad, la meditación y la penetración intuitiva alcanzada con esta disciplina practicada. En armonía con esta filosofía, las piedras con líneas más sutiles se buscaron altamente.

Los monks de Zen acentuaron esta preferencia más lejos durante el período de Muramachi (1338-1573) buscando las piedras que fueron peladas a sus elementos esenciales sin la distracción de los detalles. En un cierto plazo esto conduce a las preferencias por las piedras que eran sugestivas más bien que las representaciones exactas de las características naturales del paisaje tales como montañas. Estas piedras llegaron a ser los medios al refinamiento espiritual, al conocimiento interno, y a la aclaración. El gusto de los monks de Zen influenció fuertemente la clase japonesa de la decisión.

El período de Edo (1603-1867) consideró a una subida de los comerciantes ricos que también hicieron interesados en suiseki y comenzaron a competir con el aristocracy para estas piedras. Éste era también un período del aislamiento intenso para Japón, cuando cerraron sus fronteras a los forasteros. Sin embargo este mismo " aislamiento " permitió que los artes japoneses prosperaran sin influencia del exterior.

De algunas maneras el arte se estancó durante la última parte del diecinueveavo siglo (período 1868-1912 de Meiji) debido a una disminución de la abundancia de la nobleza y del samurai. Sin embargo, de otras maneras creció. Era durante este período que las clasificaciones del suiseki primero fueron desarrolladas.

Durante la última mitad del vigésimo interés del siglo en el suiseki renovado, creció y se amplió en la comunidad internacional donde ha continuado recibiendo interés de aumento. Hay hoy clubs y asociaciones del suiseki a través del mundo.